為了獲知基因序列在功能和結(jié)構(gòu)上的相似性，經(jīng)常需要將幾條不同序列的DNA進行比對，以判斷該比對的DNA是否具有相關(guān)性。

現(xiàn)比對兩條長度相同的DNA序列。首先定義兩條DNA序列相同位置的堿基為一個堿基對，如果一個堿基對中的兩個堿基相同的話，則稱為相同堿基對。接著計算相同堿基對占總堿基對數(shù)量的比例，如果該比例大于等于給定閾值時則判定該兩條DNA序列是相關(guān)的，否則不相關(guān)。

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